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ceRNA綜述、數據庫及經典文章

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發表于 2017-9-6 10:13:30 | 只看該作者 回帖獎勵 |倒序瀏覽 |閱讀模式
生信自學課堂
ceRNA機制揭示了一種RNA間相互作用的調控模式。ceRNA是一類具有miRNA結合位點,能夠競爭性結合miRNA抑制其對靶基因調控的RNA。之前我們介紹過mRNA、lncRNA、circRNA以及假基因均可以作為ceRNA通過MREs來結合miRNA從而調控下游靶基因的表達。

一、近期ceRNA高分Review
1、Competing endogenous RNAs: a target-centric view of small RNA regulation in bacteria.Nat Rev Microbiol.
sRNA一般是指細菌中發現的微小RNA,其中microRNA屬于sRNA的一種。許多細菌的調控性sRNA具有多個mRNA的靶點,這使得它們位于調控網絡的中心,可使得細菌能適應環境的變化。而mRNA對sRNA競爭性結合取決于濃度和對sRNA的親和性,調控性sRNA能介導細菌mRNA間的調控網絡。
2、Endogenous microRNA sponges: evidence and controversy.Nat Rev Genet.
關于ceRNA假說已經提出多年:轉錄本共享miRNA結合位點,實現轉錄后調控,該假說實現了lncRNA、假基因、circRNA、mRNA的統一調控功能。
而近期的研究,模型轉錄組范圍內的結合位點豐度表明大多數個體轉錄本表達的生理變化并不能損害miRNA的活性。該綜述仔細評估了ceRNA假說的正面及反面證據來評價內源性miRNA海綿作用的影響。
3、ceRNA cross-talk in cancer: when ce-bling rivalries go awry.Cancer Discov.
ceRNAs通過共享miRNAs實現相互對話,這代表著一種新的基因間的調控方式,且在生理及疾病發展過程中起著很重要的作用。與mRNA類似,lncRNA、假基因等具有MREs(miRNA反應元件)。ceRNA能競爭性結合miRNAs,為含有MREs的功能ncRNA提供了調控框架,將其與蛋白編碼的RNA聯合到了一起。
二、一些ceRNA相關的數據庫
1、StarBase
StarBase太強大了
2、Pictar,Targetscan,miranda
這三個數據庫都是預測miRNA靶基因的
3、DIANA Tools
該數據庫功能強大,是多個數據庫的結合體

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沙發
 樓主| 發表于 2017-9-6 10:14:05 | 只看該作者
生信自學課堂
三、ceRNA的經典文獻
1、A ceRNA hypothesis: the Rosetta Stone of a hidden RNA language?Cell. 2011 Aug 5;146(3):353-8.
2、Coding-independent regulation of the tumor suppressor PTEN by competing endogenous mRNAs.Cell. 2011 Oct 14;147(2):344-57.
3、A long noncoding RNA controls muscle differentiation by functioning as a competing endogenous RNA.Cell. 2011 Oct 14;147(2):358-69.
4、HMGA2 functions as a competing endogenous RNA to promote lung cancer progression.Nature. 2014 Jan 9;505(7482):212-7.
5、The BRAF pseudogene functions as a competitive endogenous RNA and induces lymphoma in vivo.Cell. 2015 Apr 9;161(2):319-32.
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發表于 2017-9-21 10:00:19 | 只看該作者
生信自學課堂
也想抓住這個熱點,思路很好,TCGA是什么
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