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TCGA數據庫講解與數據下載

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發表于 2017-9-7 21:19:37 | 只看該作者 回帖獎勵 |倒序瀏覽 |閱讀模式
生信自學課堂
本帖最后由 xiaozhang 于 2017-9-8 06:56 編輯

TCGA (The cancer genome atlas)是一個非常重要的癌癥數據庫,其主要收錄各種人類癌癥(包括亞型在內的腫瘤)的臨床數據,基因組變異,mRNA表達,miRNA表達,甲基化等數據,是癌癥研究者很重要的數據來源。

TCGA官網


一、數據等級
TCGA存儲的數據可分為三個級別:
Level 1: 原始的測序數據(fasta,fastq等)
Level 2:比對好的bam文件
Level 3:為經過處理及標準化的數據
Level 1和Level 2文件很大,若要下載可使用官方提供的小工具:GDC Data Transfer Tool,然后自己重新比對來call mutation, 或者提取count data做差異表達分析(不適合懶人操作,且大多數人很難拿到權限,下面會說)。


二、數據權限
Level 1和Level 2數據為controlled-access(限制下載),Level 3有部分是controlled-access,其余是開放下載,若你想下載的數據level顯示“Unauthorized”,則表示不能直接下載,需要先向TCGA申請使用權限。
比如:
理論上,限制下載的數據可以通過申請dbgap賬號獲得下載權限,但是申請這個賬號需要NIH/NCI資格審核,且需要提供eRA account ID(在美國申請grant對應的ID),所以一般只有國外PI才可能申請通過。所以對小白來說這個基本是行不通的,小編建議還是乖乖下載3級數據。


三、三級數據下載
TCGA-3級數據下載網站主要有兩個:
① TCGA官方的
優點:數據最全,更新最快
缺點:每個樣本是一個單獨的文件,如果下載某一個癌癥的RNA數據,要下載好幾百個文件,然后合并

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沙發
 樓主| 發表于 2017-9-7 21:27:10 | 只看該作者
生信自學課堂

下載方法介紹:

  • 在主頁搜索想要下載的癌癥類型
  • 以表達數據為例,可見LUAD共有515個case有RNA-Seq數據,點擊進入。
  • 左邊可以對樣本進行篩選,點擊右側數字可以下載表達數據(Exp),臨床數據(Clinical)和Annotation(注釋信息,可以找到樣本ID對應的case,control情況)。
  • 注意表達數據根據分為了HTSeq-Counts,HTSeq-FPKM,HTSeq-FPKM-UQ三種類型,Counts是數據后臺沒有處理的原始表達量,而FPKM和FPKM-UQ是兩種數據標準化處理后的數據,一般差異表達下載counts,下載所有樣本后合并,用DESeq即可。
  • FPKMFPKM-UQ計算方法:


方法二:

Firehose服務器:gdac.broadinstitute.org


優點:數據也來源于 portal.gdc.cancer.gov,但是將同一種癌癥、同種類型的數據合并到了一起,超級方便,一鍵下載,無需合并數據。


下載方法介紹:

  • 點擊LUAD對應的Data-Browse
  • 稍等片刻,會彈出LUAD項目所有樣本合并后的3級數據,需要什么數據點擊文本即可下載,非常方便快捷。當然也可以下載臨床數據等,各取所需了。



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發表于 2017-9-7 21:39:24 | 只看該作者
生信自學課堂
為什么不用gdc用具下載,搞得這么復雜
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